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@veltman

veltman/README.md

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Mahalanobis distance
Raw
README.md
Raw
index.html
<!DOCTYPE html>
<meta charset="utf-8">
<body>
<script src="https://d3js.org/d3.v4.min.js"></script>
<script src="mahalanobis.min.js"></script>
<script>
var margin = 25,
width = 960 - 2 * margin,
height = 500 - 2 * margin;
var svg = d3.select("body").append("svg")
.attr("width", width + 2 * margin)
.attr("height", height + 2 * margin)
.append("g")
.attr("transform", "translate(" + margin + " " + margin + ")");
var x = d3.scaleLinear()
.range([0, width]);
var y = d3.scaleLinear()
.range([height, 0]);
d3.tsv("weight-height.tsv", arr, function(err, points){
x.domain(pad(d3.extent(points.map(function(d){ return d[0]; })), 0.02));
y.domain(pad(d3.extent(points.map(function(d){ return d[1]; })), 0.02));
var maxDistance = 0;
mahalanobis(points).forEach(function(d, i){
if (d > maxDistance) maxDistance = d;
points[i].push(d);
});
var color = d3.scaleLinear()
.domain([0, maxDistance])
.range([1, 0]);
var unique = d3.map(points, function(d){ return d[0] + "-" + d[1]; }).values();
svg.selectAll("circle")
.data(unique)
.enter()
.append("circle")
.attr("r", 3)
.attr("cx", function(d){
return x(d[0]);
})
.attr("cy", function(d){
return y(d[1]);
})
.attr("fill", function(d){
return d3.interpolateViridis(color(d[2]));
});
svg.append("g")
.attr("class", "axis x")
.attr("transform", "translate(0 " + height + ")")
.call(d3.axisBottom(x));
svg.append("g")
.attr("class", "axis y")
.call(d3.axisLeft(y));
});
function arr(row) {
return [+row.weight, +row.height];
}
function pad(extent, n) {
var diff = n * (extent[1] - extent[0]);
return [
extent[0] - diff,
extent[1] + diff
];
}
</script>
Raw
mahalanobis.min.js
(function(global,factory){typeof exports==="object"&&typeof module!=="undefined"?module.exports=factory():typeof define==="function"&&define.amd?define(factory):global.mahalanobis=factory()})(this,function(){"use strict";function mean(arr){return sum(arr)/arr.length}function sum(arr){return arr.reduce(function(a,b){return a+b})}function isNumeric(n){return typeof n==="number"&&!isNaN(n)}function sum$1(arr){return arr.reduce(function(a,b){return a+b})}function isNumeric$1(n){return typeof n==="number"&&!isNaN(n)}function dot$1(a,b){if(a.length!==b.length){throw new TypeError("Vectors are of different sizes")}return sum$1(a.map(function(x,i){return x*b[i]}))}function multiply$1(a,b){var aSize=a.every(isNumeric$1)?1:a.length,bSize=b.every(isNumeric$1)?1:b.length;if(aSize===1){if(bSize===1){return dot$1(a,b)}return b.map(function(row){return dot$1(a,row)})}if(bSize===1){return a.map(function(row){return dot$1(row,b)})}return a.map(function(x){return transpose$1(b).map(function(y){return dot$1(x,y)})})}function transpose$1(matrix){return matrix[0].map(function(d,i){return matrix.map(function(row){return row[i]})})}function cov$1(columns,means){return columns.map(function(c1,i){return columns.map(function(c2,j){var terms=c1.map(function(x,k){return(x-means[i])*(c2[k]-means[j])});return sum$1(terms)/(c1.length-1)})})}function invert$1(matrix){var size=matrix.length,base,swap,augmented;augmented=matrix.map(function(row,i){return row.slice(0).concat(row.slice(0).map(function(d,j){return j===i?1:0}))});for(var r=0;r<size;r++){base=augmented[r][r];if(!base){for(var rr=r+1;rr<size;rr++){if(augmented[rr][r]){swap=augmented[rr];augmented[rr]=augmented[r];augmented[r]=swap;base=augmented[r][r];break}}if(!base){throw new RangeError("Matrix not invertable.")}}for(var c=0;c<size*2;c++){augmented[r][c]=augmented[r][c]/base}for(var q=0;q<size;q++){if(q!==r){base=augmented[q][r];for(var p=0;p<size*2;p++){augmented[q][p]-=base*augmented[r][p]}}}}return augmented.map(function(row){return row.slice(size)})}function mahalanobis(data){if(!Array.isArray(data)){throw new TypeError("Argument must be an array.")}data.forEach(function(d){if(!Array.isArray(d)||d.length!==data[0].length||!d.every(isNumeric)){throw new TypeError("Argument be an array of arrays of numbers, all the same length.")}});if(!data.length){return[]}if(data.length<=data[0].length){throw new RangeError("Data must have more observations (rows) than features (columns) to compute covariance. Currently has "+data.length+" observations, "+data[0].length+" features.")}var columns=transpose$1(data),means=columns.map(mean),invertedCovariance=invert$1(cov$1(columns,means));return data.map(function(row,i){var deltas=row.map(function(d,i){return d-means[i]});return Math.sqrt(multiply$1(multiply$1(deltas,invertedCovariance),deltas))})}return mahalanobis});
Raw
weight-height.tsv
height weight
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